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1 Software and instalation

Download do R

Download do RStudio

2 Author

3 Overview

{pliman} (plant image analysis) is designed (but not limited) to analyze plant images, especially related to leaf and seed analysis. The package will help you to:

• Measure the severity of foliar diseases;
• Count the number of injuries;
• Obtain characteristics of the shape of the lesions;
• Count objects in an image;
• Obtain characteristics of objects (area, perimeter, radius, circularity, eccentricity, solidity, elongation);
• Get the RGB values for each object in an image;
• Get the coordinates of objects;
• Get the outlines of objects;
• Get the convex hull;
• Isolate objects;
• Plot object measurements.

4 Instalation

Install the released version of pliman from CRAN with:

install.packages ("pliman")

Or install the development version from GitHub

# instalação do github
if(!require(devtools)){
  install.packages("devtools")
}

install_github("TiagoOlivoto/pliman")

# Para instalar a vinheta HTML, use
devtools::install_github("TiagoOlivoto/pliman", build_vignettes = TRUE)

Note: If you are a Windows user, it is suggested to first download and install the latest version of Rtools. For the latest release notes on this development version, see the NEWS file.

5 Citation

To cite the pliman package in your studies, please, use the following reference:

Olivoto, Tiago. 2022. “Lights, Camera, Pliman! An R Package for Plant Image Analysis”. Methods in Ecology and Evolution 13(4): 789–98 doi: 10.1111/2041-210X.13803

citation("pliman")

Please, support this project by citing it in your publications!

  Olivoto T (2022). "Lights, camera, pliman! An R package for plant
  image analysis." _Methods in Ecology and Evolution_, *13*(4),
  789-798. doi:10.1111/2041-210X.13803
  <https://doi.org/10.1111/2041-210X.13803>.

A BibTeX entry for LaTeX users is

  @Article{,
    title = {Lights, camera, pliman! An R package for plant image analysis},
    author = {Tiago Olivoto},
    year = {2022},
    journal = {Methods in Ecology and Evolution},
    volume = {13},
    number = {4},
    pages = {789-798},
    doi = {10.1111/2041-210X.13803},
  }

6 Useful packages

The results generated by the pliman package are returned as data.frame objects, which allows future manipulation within R. Therefore, it is suggested that the following packages be installed.

library(tidyverse)  # data manipulation
library(metan)      # descriptive statistics / arrange graphics
library(pliman)     # image analysis

7 How to reproduce

First, donwload the .zip file that contains the static website.

The folder img has the following structure.

Warning: package 'fs' was built under R version 4.2.3

E:/Desktop/UFSC/cursos/pliman_tut/imgs
├── bean.jpg
├── black.jpeg
├── compound.jpg
├── disease.jpeg
├── disease_shp.jpg
├── feijao_b.png
├── feijao_h.png
├── feijao_s.png
├── flax.jpg
├── flax1.jpg
├── flax2.jpg
├── flax3.jpg
├── flax4.jpg
├── flax5.jpg
├── folhalin.png
├── folhas.jpg
├── fourier
│   ├── changes.png
│   ├── distance.png
│   ├── img1.jpg
│   ├── img2.jpg
│   ├── img3.jpg
│   ├── img4.jpg
│   ├── img5.jpg
│   ├── img6.jpg
│   ├── img7.jpg
│   ├── img8.jpg
│   └── img9.jpg
├── fundolin.png
├── fungo.jpeg
├── gif_severity.gif
├── grains.JPG
├── green.jpg
├── holes.jpg
├── imgs
│   ├── img_exported.jpg
│   └── test
├── img_exported.jpg
├── L1_1.jpg
├── L1_2.jpg
├── L2_1.jpg
├── L2_2.jpg
├── L3_1.jpg
├── L3_2.jpg
├── L3_3.jpg
├── L4_1.jpg
├── L4_2.jpg
├── L4_3.jpg
├── L5_1.jpg
├── L5_2.jpg
├── leaf1.jpg
├── leaf2.jpg
├── leaf3.jpg
├── leaf4.jpg
├── leaf5.jpg
├── linhaca
│   ├── A10_90_1.jpg
│   ├── A10_90_2.jpg
│   ├── A10_90_3.jpg
│   ├── A11_98_1.jpg
│   ├── A11_98_2.jpg
│   ├── A11_98_3.jpg
│   ├── A12_105_1.jpg
│   ├── A12_105_2.jpg
│   ├── A12_105_3.jpg
│   ├── A1_28_1.jpg
│   ├── A1_28_2.jpg
│   ├── A1_28_3.jpg
│   ├── A2_32_1.jpg
│   ├── A2_32_2.jpg
│   ├── A2_32_3.jpg
│   ├── A3_42_1.jpg
│   ├── A3_42_2.jpg
│   ├── A3_42_3.jpg
│   ├── A4_46_1.jpg
│   ├── A4_46_2.jpg
│   ├── A4_46_3.jpg
│   ├── A5_55_1.jpg
│   ├── A5_55_2.jpg
│   ├── A5_55_3.jpg
│   ├── A6_63_1.jpg
│   ├── A6_63_2.jpg
│   ├── A6_63_3.jpg
│   ├── A7_70_1.jpg
│   ├── A7_70_2.jpg
│   ├── A7_70_3.jpg
│   ├── A8_76_1.jpg
│   ├── A8_76_2.jpg
│   ├── A8_76_3.jpg
│   ├── A9_83_1.jpg
│   ├── A9_83_2.jpg
│   ├── A9_83_3.jpg
│   ├── proc
│   └── res
├── lista
│   ├── img_sb_50_1.jpg
│   └── img_sb_50_2.jpg
├── lista_exportada
│   ├── img_exported.jpg
│   ├── img_sb_50_1.jpg
│   ├── img_sb_50_10.jpg
│   ├── img_sb_50_11.jpg
│   ├── img_sb_50_12.jpg
│   ├── img_sb_50_13.jpg
│   ├── img_sb_50_2.jpg
│   ├── img_sb_50_3.jpg
│   ├── img_sb_50_4.jpg
│   ├── img_sb_50_5.jpg
│   ├── img_sb_50_6.jpg
│   ├── img_sb_50_7.jpg
│   ├── img_sb_50_8.jpg
│   └── img_sb_50_9.jpg
├── manipula
│   ├── 20220819_140351.jpg
│   ├── 20220819_140836.jpg
│   ├── 20220819_141224.jpg
│   ├── 20220819_141521.jpg
│   └── renomeadas
├── mosaic.jpg
├── multiplas_01.jpeg
├── multiplas_02.jpeg
├── multiplas_03.jpeg
├── multiplas_04.jpeg
├── multiplas_05.jpg
├── objects_300.jpg
├── proc
│   ├── proc_soy_1.jpg
│   ├── proc_soy_10.jpg
│   ├── proc_soy_11.jpg
│   ├── proc_soy_12.jpg
│   ├── proc_soy_13.jpg
│   ├── proc_soy_14.jpg
│   ├── proc_soy_15.jpg
│   ├── proc_soy_16.jpg
│   ├── proc_soy_17.jpg
│   ├── proc_soy_18.jpg
│   ├── proc_soy_19.jpg
│   ├── proc_soy_2.jpg
│   ├── proc_soy_20.jpg
│   ├── proc_soy_21.jpg
│   ├── proc_soy_22.jpg
│   ├── proc_soy_23.jpg
│   ├── proc_soy_24.jpg
│   ├── proc_soy_25.jpg
│   ├── proc_soy_26.jpg
│   ├── proc_soy_27.jpg
│   ├── proc_soy_28.jpg
│   ├── proc_soy_29.jpg
│   ├── proc_soy_3.jpg
│   ├── proc_soy_30.jpg
│   ├── proc_soy_31.jpg
│   ├── proc_soy_32.jpg
│   ├── proc_soy_33.jpg
│   ├── proc_soy_34.jpg
│   ├── proc_soy_35.jpg
│   ├── proc_soy_36.jpg
│   ├── proc_soy_37.jpg
│   ├── proc_soy_38.jpg
│   ├── proc_soy_39.jpg
│   ├── proc_soy_4.jpg
│   ├── proc_soy_40.jpg
│   ├── proc_soy_41.jpg
│   ├── proc_soy_42.jpg
│   ├── proc_soy_43.jpg
│   ├── proc_soy_44.jpg
│   ├── proc_soy_45.jpg
│   ├── proc_soy_46.jpg
│   ├── proc_soy_47.jpg
│   ├── proc_soy_48.jpg
│   ├── proc_soy_49.jpg
│   ├── proc_soy_5.jpg
│   ├── proc_soy_50.jpg
│   ├── proc_soy_6.jpg
│   ├── proc_soy_7.jpg
│   ├── proc_soy_8.jpg
│   └── proc_soy_9.jpg
├── ref_leaves.jpg
├── resultado.xlsx
├── Rplots.pdf
├── rule.jpg
├── samples.png
├── scripts_pliman_rmd_files
│   └── figure-html
├── sev_back.png
├── sev_disease.png
├── sev_healthy.png
├── shapefiles.jpg
├── simple.jpg
├── site.png
├── soja
│   ├── img_sb_50_1.jpg
│   ├── img_sb_50_10.jpg
│   ├── img_sb_50_11.jpg
│   ├── img_sb_50_12.jpg
│   ├── img_sb_50_13.jpg
│   ├── img_sb_50_2.jpg
│   ├── img_sb_50_3.jpg
│   ├── img_sb_50_4.jpg
│   ├── img_sb_50_5.jpg
│   ├── img_sb_50_6.jpg
│   ├── img_sb_50_7.jpg
│   ├── img_sb_50_8.jpg
│   └── img_sb_50_9.jpg
├── soja_b.png
├── soja_h.png
├── soja_s.png
├── soy_1.jpg
├── soy_10.jpg
├── soy_11.jpg
├── soy_12.jpg
├── soy_13.jpg
├── soy_14.jpg
├── soy_15.jpg
├── soy_16.jpg
├── soy_17.jpg
├── soy_18.jpg
├── soy_19.jpg
├── soy_2.jpg
├── soy_20.jpg
├── soy_21.jpg
├── soy_22.jpg
├── soy_23.jpg
├── soy_24.jpg
├── soy_25.jpg
├── soy_26.jpg
├── soy_27.jpg
├── soy_28.jpg
├── soy_29.jpg
├── soy_3.jpg
├── soy_30.jpg
├── soy_31.jpg
├── soy_32.jpg
├── soy_33.jpg
├── soy_34.jpg
├── soy_35.jpg
├── soy_36.jpg
├── soy_37.jpg
├── soy_38.jpg
├── soy_39.jpg
├── soy_4.jpg
├── soy_40.jpg
├── soy_41.jpg
├── soy_42.jpg
├── soy_43.jpg
├── soy_44.jpg
├── soy_45.jpg
├── soy_46.jpg
├── soy_47.jpg
├── soy_48.jpg
├── soy_49.jpg
├── soy_5.jpg
├── soy_50.jpg
├── soy_6.jpg
├── soy_7.jpg
├── soy_8.jpg
├── soy_9.jpg
├── TRAT1_1.jpg
├── TRAT1_2.jpg
├── TRAT1_3.jpg
├── TRAT1_4.jpg
├── TRAT2_1.jpg
├── TRAT2_2.jpg
├── TRAT2_3.jpg
├── TRAT2_4.jpg
├── TRAT3_1.jpg
├── TRAT3_2.jpg
├── TRAT3_3.jpg
├── TRAT3_4.jpg
├── TRAT4_1.jpg
├── TRAT4_2.jpg
├── TRAT4_3.jpg
├── TRAT4_4.jpg
├── vicia.jpg
├── videira.png
├── videira_b.png
├── videira_d.png
└── videira_h.png

The html material (_site/index.html) will give access to the site. Within it, it will be possible to visualize all the examples, with codes and outputs. To reproduce the material, just use the *.qmd files.

For rendering, it is suggested that the folder imgs be set as the default directory. In my case, I set the directory using the following command.

# change according to your folder
setwd("E:/Desktop/UFSC/cursos/pliman_tut/imgs")

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9 License

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